上(shàng)一(yī)部结(jié)尾，尼奥（基奴(nú)李(lǐ)维(wéi)斯 饰）终(zhōng)于(yú)意识(shí)到自(zì)己(jǐ)的能力和使命，中(zhōng)弹复活(huó)后，变(biàn)成(chéng)了无(wú)所(suǒ)不(bù)能的“救(jiù)世(shì)主(zhǔ)”，他和女(nǚ)友(yǒu)崔妮蒂（凯(kǎi)莉(lì)·安·摩(mó)丝(sī) 饰），舰(jiàn)长(zhǎng)墨菲斯（劳(láo)伦(lún)斯·菲什伯(bó)恩(ēn) 饰）回到了人类(lèi)的基地锡安，受(shòu)到人们的热烈(liè)欢(huān)迎(yíng)。　　此(cǐ)时(shí)，“母体”决定(dìng)先(xiān)下(xià)手(shǒu)为(wèi)强(qiáng)，派出了两(liǎng)万五(wǔ)千(qiān)只(zhǐ)电(diàn)子(zi)乌(wū)贼(zéi)🦑攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则(zé)再(zài)次(cì)进(jìn)入(rù)“母体”，寻(xún)找(zhǎo)“制钥(yào)者(zhě)”，准(zhǔn)备(bèi)从(cóng)内(nèi)部破坏；而(ér)本(běn)该(gāi)被(bèi)尼奥消(xiāo)灭(miè)的特勤(qín)史(shǐ)密(mì)斯似(shì)乎(hū)出了点(diǎn)问(wèn)题(tí)，脱离(lí)了“母体”的控(kòng)制，拥(yōng)有(yǒu)可(kě)怕(pà)的复制能力，阻(zǔ)碍尼奥他们的行(xíng)动(dòng)